// Выбираем field_phone_value и entity_id из таблицы field_data_field_phone

// Формируем запрос

// SELECT f.entity_id AS entity_id, f.field_phone_value AS field_phone_value FROM field_data_field_phone f

$query = db_select('field_data_field_phone', 'f')

  ->fields('f', array('entity_id', 'field_phone_value'));

 // ->condition('f.entity_id', 24, '<=');

$result = $query->execute();

foreach ($result as $ph) {

  // Исходный номер телефона

  $phone = $ph->field_phone_value;

  // entity_id

  $e_id =  $ph->entity_id;

  // Уберет любые знаки кроме цифр

  $phone = preg_replace("#[^\d]#", "", $phone);

  // Оставит последние 10 цифр начиная с конца строки

  $phone = substr($phone, -10);

  // Формируем шаблон  +7 (ХХХ) ХХХ-ХХХХ

  $area = substr($phone, 0,3);

  $prefix = substr($phone,3,3);

  $number = substr($phone,6,4);

  $phone = "+7 (".$area.") ".$prefix."-".$number; 

  // Обновляем строки в БД

  $query = db_update('field_data_field_phone')

    ->fields(array('field_phone_value' => $phone,))

    ->condition('entity_id', $e_id)

    ->execute();

}

// Выводим сообщение

drupal_set_message('Обновлено записей: ' . $result->rowCount());